實驗室自動洗瓶機是功能強大的設備，但也不是什么玻璃器皿都能洗。

    由于實驗室自動洗瓶機一次可以將大批量相同/相近規格的玻璃器皿清洗干凈，例如大型實驗室自動洗瓶機可以一次清洗300個或更多的培養皿，1000只以上的試管，或者幾十個容量瓶。考慮到實驗室的玻璃器皿有不同的結構、尺寸和容量，如果能夠將玻璃器皿進行適當的分類，選配合適的裝置支架，這樣才能夠zui大程度的發揮自動清洗機的強大的清洗能力。

    有些形狀復雜或者細小的器皿或零部件，使用其它的清洗方式，例如超聲波，可能效率更高、效果更好。

    如果殘留物中含有遇熱會凝固的蛋白質，使用自動清洗機時需要特別的小心，需要在室溫下先將蛋白質清洗干凈，然后再加熱清洗。但仍然存在蛋白質凝固后粘附在設備內表面或器件表面的可能性，清理起來非常麻煩。類似的情況還有非常粘附的聚合物等。在這種情況下，適當的預處理可能是必須的。

    另外，受制于清洗設備和水基清洗劑適用范圍的限制，某些水基清洗劑無法濕潤滲透或溶解的難溶性殘留物，例如某些試驗需要用到強氧化性酸高溫消解樣品時殘留的復雜的難溶物，無法通過自動清洗機清洗干凈。