手工清洗常用清洗劑為洗潔精、去污粉、自制清洗劑等，大部分殘留物能做到有效清除。但這些清洗劑大多含有表面活性劑，對后續的漂洗造成巨大困難，需經過多次沖洗才能清除其中表面活性劑殘留，且手工清洗時需佩戴好手套，防止長時間接觸清洗劑造成傷害。

一般殘留物，清洗溫度越高，清洗效果越好，而手工洗瓶需要皮膚直接接觸瓶皿和清洗用水，難以實現高溫煮洗。

清洗眾多瓶皿，手工洗瓶無法確保每個瓶皿的清洗時間相同，無法實現標準化批量清洗，每個瓶皿的清洗程度和清洗時間或多或少會有些差異。

手工清洗除了用水進行沖洗外，針對較難清洗的瓶皿，會使用毛刷等工具進行輔助清洗，多次使用毛刷清洗，會導致瓶皿內壁出現不規則劃痕與刮花，影響后期使用。

手工洗瓶遇見難以清洗的殘留，會采用長時間的浸泡方式，通過軟化瓶皿內的殘留物，將瓶皿清潔干凈。這種方式大大降低了洗瓶的速度。